元末明初，由※察合台汗国分裂而成。在蒙古各部军事贵族的长期混战中，察合台汗国西部和东部分别形成※巴鲁剌思和※朵豁剌惕两大※异密(首领、统治者、军事长官)势力。1346年河中地区(阿姆、锡尔两河之间地)巴鲁剌思部异密合札罕攻杀合赞算端汗，另立答失蛮为汗;朵豁剌惕部异密※播鲁只亦于伊斯兰历七四八年(1347—1348年)在阿克苏将察合台汗后裔秃黑鲁帖木儿拥立为汗。察合台汗国正式分裂成东西两大部分。※秃黑鲁帖木儿汗及其继承者曾致力于汗国的统一，终归失败，只能保持其在东部的统治。史称其统治下的地域为“东察合台汗国”，《明史》称“别失八里国”，后部落西去，“更国号曰亦力把里”。而察合台汗国的西部则由巴鲁剌思部异密※帖木儿及其后裔统治，史称为“帖木儿王朝”或“帖木儿帝国”。秃黑鲁帖木儿汗于1353年宣布伊斯兰教为国教，汗国内的蒙古部族开始伊斯兰化。其去世后，朵豁剌惕部异密※哈马鲁丁篡夺政权，引起内乱。帖木儿王朝趁机多次入侵，哈马鲁丁在战乱中失踪，朵豁剌惕部异密※忽歹达把秃黑鲁帖木儿之少子※黑的儿火者拥上汗位，恢复察合台汗国的“合法”统治。时汗国疆界基本确定，大体由三部分组成：(一)※蒙古斯坦，东起阿尔泰山，西至塔拉斯河以东沙漠地带，北界塔尔巴哈台山至巴尔喀什湖一线，南包括天山山脉;(二)※向阳地，原西辽时期※东部喀喇汗王朝领地，包括葱岭以东喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌、和田、乌什、阿克苏六城地区和葱岭以西费尔干东部地区;(三)畏兀儿地，西辽时期高昌回鹘的天山以南地区，包括※吐鲁番，焉耆两地。黑的儿火者汗死后，五传至※歪思汗。其统治时期(1417—1432)，瓦剌势力向西发展，进入蒙古斯坦东部。歪思汗死后，二子为争夺汗位展开斗争，汗国分裂为东西两部，最后由长子※羽奴思汗统一全国。1487年羽奴思死后，汗国又分裂为东西两部：长子※马合木汗统治西部，都塔什干，名义上为全国大汗;少子※阿黑麻汗统治东部，都吐鲁番。阿黑麻汗两次大败瓦剌，并将疆域扩展到哈密。后，阿黑麻子※满速儿汗又统一汗国，但领地逐渐缩小，至其子※沙汗统治时仅限天山以南、库车以东地区。沙汗在一次对瓦剌的战争中死去，其从兄弟※速檀马速拥众嗣位，1570年被叶尔羌汗国※阿不都·哈林汗军俘虏，国亡，领地并入叶尔羌汗国。(表见下页)
附：东察合台汗国统治者世系表
注：一些在位年系按伊斯兰历推算，故介于两年之间。
