清同治元年(1862)，西北太平军入陕，任武、赫明堂、洪兴等率当地回族人民纷纷发动起义。起义军组成十八大营，攻克渭南、同州(今大荔)、临潼(今西安东北)、华州(今华县)、华阴、泾阳及三原等地，并一度围攻凤翔、西安两府城。清政府派胜保为钦差大臣率兵镇压，为起义军所败。二年清政府改派多隆阿为钦差大臣，西上攻回，采取剿抚兼施的手段。次年起义军被迫退往甘肃。在此期间，甘肃、宁夏、青海地区的回族人民也举行起义，并逐渐形成四支力量：马占鳌部活动在甘肃南部;马化龙部活动在宁夏南部;马文义(马尕三)部活动在青海东部;马文禄部活动在甘肃西部。六年，左宗棠出任陕甘总督，率军镇压回民和捻军起义。十年，攻占金积堡。次年攻灭甘肃南部与青海西宁一带的回民军。十二年，马文禄投降后被杀，历时十二年的陕甘回民起义失败。