1922年6月，陈炯明在广州派兵围攻总统府，公然叛变孙中山。1920年11月，孙中山由上海重返广州，发起第二次护法运动，重组军政府。1921年4月，孙中山被国会非常会议选举为中华民国大总统。当时孙中山积极策划北伐，然而广东军阀陈炯明却极力反对。陈炯明身兼陆军部长、粤军总司令、广东省长三要职，握有广东的实权。他打着“保境息民”的旗号，并与湖南军阀赵恒惕勾结，反对孙中山派兵入湘北伐。1922年6月16日，他公然发动武装政变，派兵围攻总统府，同时电促孙中山下野。孙不得不避难于永丰舰上，处境极端困难。孙中山下令北伐军回师靖难，但北伐军因受陈炯明阻挡而无法回粤。孙被迫于8月9日离粤，退避上海。这是孙中山依靠军阀反对军阀路线的又一次失败。陈炯明的叛变促使孙中山认识到要取得革命胜利，必须寻求新的道路和方法。