即陕西、甘肃、宁夏和青海等地回民反清武装斗争。1862年5月(同治元年四月)太平军扶王陈得才和遵王赖文光率部进逼西安， “往结回众”，陕西渭南回民群众纷起响应。回民军以渭南仓渡镇、同州(今大荔)王阁村和羌白镇为基地，奉伊斯兰教阿訇洪兴、任武及赫明堂等为首领，组成十八大营，控制渭河两岸。华州回民群众奋起进攻当地的反革命武装，并把前来“劝谕”的清朝大臣张芾杀死祭旗。关中平原的回民武装参加或配合太平军陈得才部对清军作战。1863年3月(同治二年二月)清廷派钦差大臣多隆阿督军进攻回民军，侵占其后方基地羌白镇和王阁村。翌年，陕西回民军被迫退往甘肃。是时，甘肃、宁夏、青海等地回民群众也接连发动起义，其中以金积堡马化龙的力量为最强，成为起义军的中心。起义军以遭受重重封建剥削的贫苦回民为主，但领导权却操纵在少数回民上层分子手中。这些回民上层分子在斗争的关键时刻，往往经不起考验，有的出卖群众，乞降自保，有的策划民族分裂。1866年(同治五年)秋，张宗禹率西捻军入陕，与西北回民军相配合，形成了西北各族人民反清斗争的高潮。1868年(同治七年)左宗棠任钦差大臣，西上镇压回民军，不久即招降在陕甘交界处的董福祥所部回民军。1871年(同治十年)左宗棠所部湘军猛攻回民起义军中心金积堡，窃夺起义领导权的宗教上层分子马化龙投降，回民军损失惨重。左军旋即围攻甘肃、青海的回民起义军。1872年(同治十一年)经过太子寺之战，甘肃南部的回民义军失败。同年，左宗棠军攻占西宁，回民军首领马永福投降。翌年，左宗棠军又镇压了甘肃西部的回民军，其首领马文禄被杀，白彦虎部逃往新疆，左军占领肃州。至此，坚持斗争达十二年之久的西北回民起义归于失败。西北回民起义具有明显的反对封建压迫和民族压迫的性质，它削弱了清朝在西北地区的封建统治势力。