康熙元年(公元1662年)郑成功死后，其子郑经继位。“三藩”之乱期间，郑经曾乘势攻占福建等地，向大陆发展势力。“三藩”之乱被平定，郑经只好退回台湾。康熙二十年郑经死，长子郑克��继位，不久大将冯锡范杀死郑克��，另立年幼的郑经次子郑克塽为傀儡。从此台湾掌权者成为争权夺利的腐朽集团，政治混乱，力量削弱。而清政府由于平定了“三藩”之乱，中央集权大大加强，统治巩固。康熙帝派大将施琅向台湾进军。康熙二十二年，郑克塽、冯锡范等投降，台湾与大陆重归统一。清政府设立台湾府，下辖台湾、凤山、诸罗三县，隶福建省，并在台湾设巡道一员，总兵官一员，副将二员，兵八千。康熙帝的这些措施，有利于加强台湾与祖国大陆的联系，有利于巩固祖国东南海防。