东晋陈郡(治今河南淮阳)人。殷��弟。初为会稽王司马道子骠骑参军，转琅邪王司马元显征虏长史。桓玄执政，以为侍中，领左卫将军，总领诏命。劝玄早受禅，并阴为之撰九锡文及册命。玄篡位，以佐命亲贵，封东兴公。多纳货赂。元兴三年(404)，为徐、兖二州刺史。玄被刘裕击败后，随玄挟安帝浮江南走。至巴陵，求出别船收集散卒，因奉二后降裕，为镇军长史，转尚书。自谓宜当朝政，郁郁不得志。后出为东阳太守，尤不乐。江州刺史何无忌又言于裕，谓为腹心之疾，遂以与裕将骆冰等谋反罪，杀之。善属文，有《殷仲文集》，已佚。