辛亥革命时福建起义武装的军政机关。根据起义后制定的福建《都督府大纲》的规定，都督府以都督为首长，都督府置政务院、参谋部、司令部，属官有参议官、秘书官、参事官等。政务院由临时总长一人、副长二人和各部部长组成。政务院分设八部：即民政部(分地方科、土木科、卫生科、实业科)、外交部(院议决定暂不分科)、财政部(分会计科、税榷科、田赋科、理财科、公债科、盐政处)、军务部(分军事科、人事科、军需科、经理科、执法科、医务科)、司法部(分总务科、民刑科、典狱科)、教育部(分专门科、普通科)、交通部(分邮政科、电政科、航业科、路政科)、警务部(分司法科、行政科、消防科、侦探科)。政务院并有直辖局，计有叙官局、法制局、印铸局、统计局，每局设局长、副局长各一人;还有《都督府大纲》中未列入的船政、公债二局。船政局亦置正副局长，公债局唯设总理一人。参谋部设部长、副部长，分置外事、运筹、调查、测绘四科。司令部有总长一人，《都督府大纲》中未规定其编制。南京临时政府成立后，福建都督府曾呈送根据《都督府大纲》的编制，都督府主要职官的请委名单(见《临时政府公报》第五、六两号)，旋内务部认为“共组织名称显然于国内独立成一政府，”大总统即据此命令公报局声明取消(见《临时政府公报》第十号)。此时福建都督府的请委名单没有被批准，是由于临时政府不同意这种类似中央政府的都督府组织法规，但按《福建都督府大纲》组织的军政府事实上一度存在，而且代表了辛亥革命时期一部分起义省区军政府的组织形式。