护法运动时期国会非常会议选举产生的军政府。民国六年(公元1917年)七月，孙中山反对北洋军阀解散国会，提出拥护约法、恢复国会的主张，率驻沪海军到广东。一部份议员离京南下，拥护孙中山护法。八月，南下议员在广州召开国会，因不足法定人数，称国会非常会议，组织护法军政府。八月三十日通过《军政府组织大纲》，次日公布。依照这个大纲的规定，军政府设大元帅一人，元帅二人，均由国会选举，任期无具体规定。军政府设外交、内务、财政、陆军、海军、交通六部，各部设总长一人，由国会分别选出，咨请大元帅特任。但当总长缺位尚未选出之前，大元帅得先任命署理。军政府设都督若干人。以各省都督赞助军政府者任之;凡有举全省兵力，宣布与非法政府断绝关系者，亦得任军政府都督。次年五月十日修正通过《军政府组织大纲》，改大元帅独任制为总裁合议制。军政府设总裁会议，由总裁组成。总裁由国会选举，人数并无具体规定。军政府设置政务院，由政务员组成，政务院长和各部总长均为政务员。政务院长由国会选举，经总裁会议任命;政务员辅助总裁对国会负责。凡用军政府名义发出的政务性文告，由总裁连署，并经政务员副署。政务员和总裁意见不同时，得开联席会议决定。联席会议以总裁、政务员和各省军代表会同举行。政务院设置参事会，由各省省议会选出参事二人经总裁会议任命组成;无省议会的地区，由当地的法定机关选举。军政府的军事机关除政务院所辖军事行政机关外，还有军事委员会和参谋部等。五月的军政府改制是桂系军阀唆使政学系劫持非常国会排挤孙中山的行动，孙中山被迫赴沪。后桂系军阀向北洋军阀靠拢，将军政府撤销。