二十四卷。明吴昆(1551－1620)撰。吴昆，字山甫，号鹤皋，歙县(今属安徽)人。15岁行医，奋发苦读，精研医典，良有收获。又到江浙等地求师，并在宣城一带行医，声名素著。结合自己行医经验，参照研读医经心得，著成《医方考》、《脉语》、《针方六集》、《十三科证治》等书。《黄帝内经素问注》是他多年研究《内经》的一得之见，撰成于万历甲午(1594)，原署《内经吴注》，又称《黄帝内经素问吴注》、《素问吴注》。此书以王冰注本《素问》二十四卷为底本，逐篇分段注释。作者注文简朴，论说透譬，对前人之说颇有发挥补益，便于读者加深理解原文。前人认为，林亿等校注《素问》不轻改原文，所言必有依据，或但著其异文，而不加判定，意存审慎；而吴昆所注，多改经文，嫌于轻擅。与明代其他同类注本相比，此本最为可取。有明万历二十二年(1594)初刊本，万历三十七年(1609)刻本，1984年山东科技出版社校点铅印本。